DNA testing – prinsipper


Hvordan fungerer DNA testing? Hva får du igjen som resultat? Hvordan foregår matching og hvilke svakheter er det med DNA slik dette gjøres?

Vanlig autosmal testing består av å finne ut hvilke av nitrogenbasene man har på gitte posisjoner som testselskapet har bestemt skal testes. All DNA består av 4 nitrogenbaser og heter adenin (A), cytosin (C), guanin (G), og tymin (T).

DNA spiral
CC-BY-NC-SA-4.0 Opphavsmann: Bjørn Norheim

DNA tester gir bokstavkoden for ca 700.000 av 3 milliarder SNP’er – (uttalt snipper). Eksempler nedenfor viser lite fragment av hvordan testresultater ser ut, for å forklare noen grunnleggende prinsipper. Dette er ikke en representasjon for hele DNA’et. Ett DNA segment består av mange SNP’er. All testing går ut på å se etter overlappende verdier på DNA, og lengden på ett segment må være over en hvis størrelse for å regnes som ett treff. cM – centimorgen er måleenheten. Sannsynligheten for ett reelt treff øker med jo større man har en sammenhengende segment. Flere snp’er etter hverandre utgjør ett segment.

RSID CHROMOSOME POSITION RESULT
rs4477212182154AA
rs30943151752566
rs31319721752721GG
rs125620341768448
rs121248191776546
rs112407771798959GG
rs66810491800007
rs49703831838555AC
rs44756911846808CT
rs75377561854250AG

Første radene i min DNA test, «–» Betyr at de ikke klarte å lese av verdiene.

DNA-fasing med 2 foreldre

Når man tester DNA så får man igjen 2 verdier for hver posisjon. Testselskapet vet ikke hva som kom fra mor eller far. For hver posisjon så registreres verdiene i tilfeldig rekkefølge. Eksempel nedenfor viser ett barn og dennes foreldre. Mor i gult, far i blått. Så har du testet deg selv og dine foreldre ville du bare fått 3 sett med data (Barn, Mor, Far)

Forenklet DNA test

Noen verktøy utfører fasing. Det som skjer at man sorterer ut hva som må ha kommet fra hvilken av foreldre. Eksempel nedenfor viser hvordan dette gjøres rad for rad.

  • Rad 1: Barnet har en A og T, Mor har bare T’er. Hvilken av de to som barnet fikk vites ikke, men det spiller ingen rolle biologiske sett. Far har A og G. Derfor så blir A’en merket med blå farge, og T merket med gul hos barnet
  • Rad 2: Barnet har både C og G. Mor har en G far har C.
  • Rad 3: Barnet har 2 G’er, Mor og far har begge G’er
  • Rad 4: Både mor og far har T så begge kunne gitt en T, men siden Mor har en C som barnet ikke fikk, må T kommet fra henne, og dermed fikk barnet A fra faren.
  • Rad 5: Barnet fikk en A fra hver av foreldrene
  • Rad 6: T fra mor og G fra far
  • Rad 7: 2 G’er en fra hver
  • Rad 8: Begge foreldrene har en C. men bare far har en T, mor ga derfor en C
  • Rad 9: T’en kunnet kommet fra begge, men bare mor har A, så den er fra henne, og da må far gitt en T .
  • Har barnet forskjellige verdier og foreldrene har begge disse, kan man ikke vite hvem som ga barnet hvilken verdi. (glemte å ta med den kombinasjonen i eksempelet over)

Figur til høyre ovenfor viser at barnets DNA er tilfeldig satt sammen, det er altså ikke slik at verdier på den ene siden er fra mor og den andre fra far. Dette har betydning for matching. eksempel nedenfor er altså ikke hvordan normale DNA tester er organisert. Selv om dette er faktisk hvordan DNA er organisert. Slik teknologien er idag klarer man ikke skille på hvilken forelder den leser på. Testene «fanger» bare 2 verdier.

Det finnes verktøy som kan fase DNA på denne måten, og sågar skille ut hver side som egne DNA kit. Hadde man kunne bare søkt med DNA som tilhører fars eller morsiden så ville mye vært enklere når man skal vurdere hvor din match hører hjemme. Mye forvirring med DNA skyldes at man leter etter -1- verdi, men ser -2- og ikke vet hvilken som er den man egentlig skal bruke.

Man leter med to verdier og sjekker mot to verdier, selvom alle relasjoner utenom foreldre og barn er gitt av en og bare en verdi.

ulempen med DNA testing

DNA matching

Viser matching ufaset slik alle testselskaper normat gjør matching, og litt senere faset slik det burde vært fordi det er det som er biologisk rett.

Matching foregår ved at man ser på 2 personer og begge deres verdier på en gitt posisjon (Deg + NN). Ufaset kit til venstre har en felles verdi for hver eneste rad. Har derfor lagd en kolonne som er grønn hele veien. Det er full match over mellom begge kit.

Sett at hver kolonne kom fra hver sin forelder? Resultat i lilla viser de som overlapper (og er en match). Det er helt normalt å ha like verdier på både begge sider (strengt tatt vet man ikke hvilken side man treffer mellom 2 personer). Når lengden er over en hvis verdi så blir det regnet som en reel match. NB ulike selskap har ulik praksis for dette i sin visning av matcher. Noen tar med alle over 1cM, andre setter grense på 7cM.

Vanlig testing hvor ufaset DNA brukes vil si at det er full match over hele segmentet, og viser hvorfor falske match’er oppstår.

Gedmatch kan ta i mot DNA hvor bare 1 side er representert. ett mono kit. Den matcher alikevell mot alle kit som er enten stereo eller mono. Borland Gentics kan brukes til å fase dine rådata (mer info om dette vil komme senere)

Ett litt annet sted på kromosonet kan se ut som figur ovenfor. Her også vil man når man ser på begge to samtidig finne at er er overlap over hele segmentet, men vekselvis på hver side hele tiden. Eneste gangen begge overlapper er tilfeldigvis når begge har samme verdi på samme sted.

Triangulering

Slektskap i eksempel nedenfor

Eksempel nedenfor er ofte noe som folk ikke skjønner med en gang, og har sammenheng med det som er skrevet ovenfor.

Nederste linje viser min tante L.K. Hun er i slekt med meg på min morsside (min mor R.M er hennes søster). Person i gult er min mors fetter O.H. Hvorfor deler O.H. ikke hele den gule biten med oss alle? Han er i slekt med oss via hans far Peder som er min mormors (Ellen) bror (Dette er ikke den eneste biten som er felles, men er trukket frem fordi den illustrerer ett poeng). Min mor og hennes søster har begge fått dna fra sine foreldre 50%, men ikke nøyaktig samme 50%.

Det som er ringet rundt, er det som min mormor Ellen kan ha gitt dem og som hennes bror Peder også gav videre til sin sønn deres fettere. Da må det som er utenfor på samme sted som den gule og overlapper komme ifra min morfar Trygve.

eller

Det er en feil tolkning – falsk match (dersom segmentet er lite nok).

For å svare på det spørsmålet må jeg fase DNA’et til RM, LK og OH. Er dette mulig når alle mine besteforeldre er døde? Nei vil de fleste svare, men dette skal jeg vise senere i høst.

Lagt ut den