Hva er oddsen?


Bakgrunn

What are the Odds? eller WATO som noen forkorter dette til, er ett verktøy på «DNA Painter» sittt nettsted som er verdt å undersøke. Spesielt om du ikke vet hvordan man skal plassere noen inn slekta og du vil leke med mulighetene.

Eksempelet som brukes er 80% oppdiktet. Det eneste som er reellt at Bjarne Betjent er født ca 1945, oppgitte cM verdier (andel delt DNA) og at han har en ukjent far. Dette er gjort for å skjule identiteten til nålevende, og det er uenighet om hvordan "Bjarne" passer inn i slekta.

Bjarne Betjent har fått nokså 2 nære treff på 564,2 og 444 cM med noen som han antar er på hans fars side, Bodil og Johan. Andre disse også DNA treff med er Inger, Lisa, Julie, Tove samt Vivian. Alle treffene var på Gedmatch. Men ingen av disse 2 treffene er synlig i slekt med hverandre.

Hvordan kommer man videre? Jo man må finne ut hvordan folkene er innbyrdes i slekt med hverandre å tegne slektstrær. Hvordan kan man det, jeg vet bare at de er i slekt med meg?

På Gedmatch kan man se sine treff, og man kan se sine treffers treff. (egentlig alle sine treff). Nøkkelen er å bruke GedmatchID, Gedmacth er en åpen dna database som lar (alle sine registrete brukere) se den informasjonen du har lagt inn i databasen, unntatt hvilken DNA kode du har*)

*) Matcher du noen på kromosonene fra plass 50420 til 51620 og du vet hva du har av dnakode i dette område, vet du hva den andre også har mellom disse punktene, og bare der. Du vet ett lite fragment av ett lite fragment av hva denne personen har. En autosomal test avslører 0,02% av ditt DNA om du deler hele "koden" du fikk kartlagt, (ca 700.000 av 3 milliarder bokstaver) så om du eksponerer 1200 av dine 3 milliarder bokstaver så ville jeg ikke bekymret meg over dette.

En nøkkel til å DNAforske slekt på er å bruke «shared cM project» på DNA Painter. Taster man delt DNA i cM verdi får man opp hvilke relasjoner som er mulige, med sannsynligheter. (Med MyHeritage får du dette direkte i 1-1 trefflisten). Ved å se på trefflisten til de ulike matchene på Gedmatch fant man følgende relasjoner:

NavnTrecMSlektskap
BodilA0564,2Mor til Tove og Vivian
ToveA1256,7Datter av Bodil
VivianA2224,3Datter av Bodil
JohanB0444 Onkel til Inger og Lise
IngerB1239,7Niese av Johan.
LisaB2 269,6Niese av Johan. Mor til Julie
JulieB21195,4Datter av Lisa

Ved å kontakte noen i slekta til Bodil og Johan fikk man vite at ovenstående stemte, og at familiene hang sammen på følgende måte:

* angir hviken søsken som er forelder for neste generasjon

Utfylling av WATO

For å kunne bruke «What are the odds» må man starte med en kjent ane. I eksemplet ovenfor er dette ikke tilfelle. Dette er 2 slekter med en felles forbindelse. Dette betyr at man kan tegne 2 (4) forskjellige tavler. Hver boks i WATO kan være ett par, eller en person. Tegner derfor opp 2 tavler; Etterkommere av Truls, deretter Ingrid. (Å tegne opp nedenstående er ganske enkelt, forklarer ikke hvordan jeg kom dit. Utfordringen med å bruke verktøyet kommer i neste steg). Bare de du har en cM verdi på skal oppgis med dette. Det er disse’s delt DNA som brukes videre i teoriene.

Teorier – hvordan passer Bjarne Betjent inn?

WATO virker ikke med mindre man har flere teorier. Man kan ikke bare putte inn det man tror er rett og få ett svar. Hele poenget med dette verktøyet er å analysere hvilke teorier kan være rett. Når man har store andel delt DNA typisk foreldre/barn, søskenbarn, halvsøsken trenger man egentlig ikke dette verktøyet. Det holder med å bruke «shared cM prosject» i slike tilfeller. Prøver nevø/niese for å vise hva man velger (ikke fordi det er en god teori).

Hypotese kommer ut med score 0 (bilde under), som betyr usannsynlig. Døper om barn av Edna til hel/halv (fordi jeg skal vise hvordan legge til halvsøsken), samt se hvordan det slår ut.

Skal være halvsøsken til alle de andre søskene. Velger derfor alle

Tester alle avkom i hver generasjon av «halvsøskenet». Hypotese 3 får høyest tall, som betyr det er mest sannsynlig.

Rapporten under grafen som tegner opp er viktig å sjekke, den oppsummerer alle funnen på alle teoriene. Foreløpig sier den dette:

Hypotese 3 er 1178x mer sannsynlig. OBS! Dette betyr ikke at den som er mest sannsynlig, er den faktiske forbindelsen. Kan noe være mulig så kan det være mulig. LIvet er fult av tilfeldigheter! Vi har fortsatt mange andre alternativer som ikke er utforsket. Legger til alle mulige varianter jeg kan komme på for denne delen av slekta. Så få vi se hva som dukker opp:

De med «no» emoji, passer ikke pga alder

Lagde de alternativer jeg kom på, men flere av disse passer ikke inn om alder på far i forhold til fødsel av Bjarne Betjent. Satte emoji på de alternativer som ikke går opp, og fjerner før neste bilde.

WATO diagram familiegren 1: 4 ulike alternativer er like sannsynlige! Må derfor se på den andre famliegrenen

Familiegren 2

Viser bare oppsumeringen og ikke hvordan jeg kom dit i detalj. Tar hensyn til at Bjarne sin far kan ikke være født senere enn ca 1930, siden Bjarne er født ca 1945.

WATO – del 2

WATO diagram for famlien over

Konklusjon

Om man tar ett steg tilbake og ser på opplysningene pånytt. Hva er det som utmerker seg med dette tilfelle? I jakten på en ukjent forelder, så har man 2 familiegrupper som ikke er i slekt med hverandre, men er forbundet via en tredje person. Det logiske er at det er personen som er nøkkelen. Reiulf, eller en av hans sønner må være faren til Bjarne Betjent. Alternativt en helbror av han og eller sønn av denne, eller helsøsters sønn. Men han har neppe en helsøsken fordi han er ett resultat av ett flyktig forhold, så det må være han. Slektskap til begge «klyngene» er ikke mulig på andre måter. Folk som leter etter ukjent far er som regel ikke så heldig å ha denne familietvisten. Slekt som er mulig pga 2 halv familier, som ikke er i slekt med hverandre men bare «deg» via din ukjent ane.

Kombinasjonene av begge WATO diagrammene understøtter denne teorien. Dette er mest plausible forklaringen om man ser på alle fakta samlet. Mener du noe annet ta gjerne kontakt!

Visuell fasing – DNA Painter


Med DNA Painter kan man visuelt tegne opp dine DNA treff. Disse kan senere hjelpe deg å bestemme hvor andre hører hjemme dersom disse ikke har ett slektstre å vise til.

Dette trenger du:

  • DNA treff som du vet hvor denne hører hjemme i ditt slektstre.
  • Liste over kromosomer som dere har felles (delte segmenter)
  • Konto hos DNA Painter (en profil er gratis) $30 for 6 mnd og $55 for 12 mnd.

Har man funnet ut av ett treff kan dette hjelpe deg videre med andre treff. Alle andre som passer i mellom*) vil enten være i slekt via samme anepar, eller lengre opp i ane rekka.

*) De fleste snubler her – Gitt at de matcher på samme segment (og ikke det samme område som motsatt foreldre har gitt deg).

Det finnes måter å finne ut av dette på, kalles triangulering. Om ABC matcher på samme segment, må de match hverandre innburdes også. A->B, A->C og B->C om ikke siste er tilfelle. Betyr dette: Siden du (A) har ett kromosonpar så kan B Match din morsside og C din farsside. Derfor vil ikke B og C matche hverandre. Hos ftDNA bruker man Matrix, MyHeritage har merker trangulerte på Kromosonleseren. Gedmatch har også verktøy for triangulering.

Overlappende segmenter kan bety at man har arvet disse fra felles forfedre. Alle andre som havner under dette delte segmentet kan derfor være i slekt med deg. Forutsatt at det er på samme segmentparet. (Som nevent overor har man alltid 2 ett kromoson fra fra og ett fra mor). år du ser på leverandørenes kromosonleserer må du være klar over at den bruker begge dine sider mot andre. Du kan ha segment treff som er overoptemistiske, hvor du har treff mot begge sider.

Pratisk eksempel

Først av alt, jeg har ikke DNA etter mine besteforeldre, men begge mine foreldre. Jeg kan enkelt fase miitt DNA i min mors bidrag og fars bidrag. (Enkelt eksempel på fasing). Utfordingen mange har er at de ikke har en forelder som er testet. Hvordan skal man da fase DNA’et. Dette et eksempel

Most Common Recent Ancestor

Siden jeg vet at dette treffet går via min mors mors linje kan jeg derfor fase de delte segmentene mellom min mor f. Grøndahl og herr Svendsen. Digresejon dette er det næremste treffet hun har utenom meg og hennes barnebarn. Denne personen er heller ikke på Gedmatch, eller ftDNA. Om jeg ikke hadde overført mine rådata til MyHeritage ville jeg trolig aldri funnet at han hadde tatt en DNA test.


Man laster ned delt segementer via kromosonleseren (øverst til høyre)

Fra før har en en tom profil opprettet for min mor. For å «male» dette treffet inn velger jeg å importere fila jeg lastet ned i bildet ovenfor.

  • Åpner nedlastet fil i notisblokk (eller excel), kopierer innhold
  • Åpne profil i DNA painter
  • Klikker på «Paint new match»
  • Lim inn innhold fra nedlastet fil
  • Klikk «Save match now»

Redigerer kjent ane. Bruker Prefiks MMF for Mor Mor’s Foreldre. Setter slektside (Maternal), og en lite notat hvor informasjonen kom fra

Jeg kunne ha valgt en annen fremgangsmåte. Import data direkte fra fil dette krever betalt medlemskap (noe som jeg har)

En annen gang skal jeg vise hvordan dette vil se ut med flere delte segementer og hva man kan lese ut av dette

Klyngetriks i FamilyTreeDNA


Dine DNA-treff kan hjelpe deg, om du vet hvordan å bruke de. Ved å ha ett bevisst forhold til hvem av dine treff du har lenket inn i ditt tre kan du la disse jobbe for deg. Denne artikkelen viser noen tips i denne sammenheng. 

Dette er utdyping av en åpenbaring jeg nevnte på  Facebook Gruppen – «Norway DNA – Norges prosjektet FTDNA» 

Bakgrunn: Jeg hadde slurvet med oppfølging av min mors DNA treff på FamilyTreeDNA (ftDNA), og tenkte jeg skulle gjøre noe med det. Tanken var at siden jeg lekt litt med DNA Painter (DP), skulle jeg legge alle de treffene jeg hadde «løst» inn i DP. På min mors profil i ftDNA var det bare 1 person utenom min sønn og meg, som var lenket. Han er en firmenning (3C-third cousin). Hun har også treff på MyHeritage, og der hadde hun 2 jeg hadde funnet ut av. (Tremenning – 2C og 2C1R) 

Plukket først ut firmenning treffet i ftDNA, og skulle legge bare den inn, men startet på nytt fordi jeg fikk spørsmål om hvilken side kromosomene tilhørte. ftDNA har jo røde damer og blå menn. Tenkte derfor «hva om jeg legger inn alle som er faset på ftDNA?»

Treffene er anonymisert. Siden få personopplysninger avsløres kunne dette stått usladdet

Bare 18 personer er faset hos min mor, og bare på hennes mor’s side (Paternal=0, Maternal=18). Tenkte ikke noe videre på dette først, men dette er en del av observasjonen som følger

Siden DNA painter spør om hvilken side data kommer fra, tenkte jeg det er kjempesmart å plukke alle disse, og sette de på hennes morsside. Fordi poenget for meg er å se hvem andre som matcher oss, utelater derfor oss min sønn og meg, når jeg skal se videre på segmenter.

Via kromosonleseren får man tak i segmentene til DNA Painter
Man kan velge maks 7 personer

I kromosonleseren til ftDNA kan man filtrere på «maternal side» (morssiden). Prøvde å laste ned alle 18(-2) i utvalget, men fant ikke noen enkel måte å gjøre dette på. «Download all segments» er absolutt alle, uansett hvilken avgrensning man gjør på siden. Måtte derfor ta 7 og 7 om gangen (og tilslutt 2). se bilde under

Lastet ned segmentene til disse 14 til PC’en. DNA Painter har nå en funksjon å laste inn mange segmenter fra flere i en jafs. (Masse import). Hadde 3 filer, Det ble derfor 3 grupper i DP. Senere slo jeg sammen disse 3 gruppene til en gruppe, som jeg kalte «ftDNA Maternal Matches Runa Holte»

«Import data» takler segmenter fra 1 fil med flere personer i en jafs
Justerte segment nivå, før jeg valgte fil, og trykket import
View Group: Herfra kan jeg slå sammen grupper

I ftDNA listen dukket ett navn opp, men det var ikke noe tre. Mente jeg hadde sett dette navnet før, og kikket på MyHeritage. Digresjon: dette var ett hendig uhell, min mor har en tremenning med samme fornavn, men annet etternavn. Men fant også denne personen hos MyHeritage. Etter å ha sjekket smart match’ene,  fant jeg veldig raskt ut hvem felles ane var; samme anepar som jeg først jobbet med. Treffet blir mao firmenning forskjøvet ett ledd.

Sakte begynte ting å falle på plass for meg.

En lenket person, gav meg følgende:

ftDNA plukker ikke vilkårlig ut og faser hvem som tilhører hvilken side. Alle som match’er gitte kriterier, blir faset. De er alle antagelig i slekt (IBS – Identified by state). Med bare 1 person lenket vil andre som faser, tilhøre samme familieklynge (cluster). Alle tilhører samme samme slektslinje min mors tippoldeforeldre ligger på. Min (mors) mors mors fars foreldre. Dette vil være informasjon som en match trenger for å finne ut av ting på sin side, eller du trenger om du gjør mer slektsforskning på egenhånd.

OBS! Det er en sjanse for feil/avvik når man sammenligner data. Senere funn kan plukke noen ut av din familieklynge siden. Disse tilfeldige treff kalles (IBC – Identified by chance). 

Om jeg bare legger til folk i treet som tilhører denne gruppen vil jeg kunne finne flere biter av felles denne gruppens felles dna pool. Ved å være bevisst på hvem man har koblet inn i treet har man en enkel måte å klynge slekt på. «Fattigmanns klynge verktøy», bruk 1 lenket person til å bygge denne personens familieklynge.

Lenker man til flere personer, vil dette kunne endre hvem som faser. De på samme side, vil bidra til å avdekke opp hvilke segmenter min mor har fått på den siden. DNA Painter visualiserer hvilke områder som blir avdekket. På den måten kan jeg vite hvilke mer om hvordan hennes dna er faset. Noe som igjen kan brukes til å rekonstruere biter av forefedres dna. Målet er å dele alt DNA inn ente far og mors side.

Verdt å merke seg:

Om du lenker ikke flere matcher, vil du etterhvert se at noen blir lilla. Dette er personer som kan være i slekt med både din mor og far. Disse bør du ikke bruke når du kartlegge videre. 

Bruker man alle i trefflisten i DNA Painter, men ikke de som er nære (kutt de med mer enn 1500 centimorgen), ser man hvor stor grad det teoretisk er mulig å fase/rekonstruere dna. Det vil alltid komme flere til, jo flere som tester seg jo bedre dekning kan man få.

Alle mine mors ftDNA treff. Bilde viser potensielet for å visuelt kartlegge hennes dna